Kefir naturalny ekologiczny jest produktem otrzymanym z mleka pochodzącego z gospodarstw ekologicznych posiadających ważny certyfikat, wydany przez uprawnioną jednostkę certyfikującą znajdującą się w wykazie prowadzonym przez Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi. Mleko ekologiczne poddaje się procesom: wirowania, normalizacji i pasteryzacji, a następnie fermentacji przy użyciu kultur bakterii kwasu mlekowego i drożdży kefirowych. Po ukwaszeniu kefir ekologiczny chłodzi się i pakuje.